К исходу первого дня наступления отдельным дивизиям армии Романовского удалось продвинуться на 2–3 км. Расстояние между 67-й армией и 2-й ударной сократилось до 8 км. Генерал Линдеман спешно выдвигал в район Му-столово, Рабочий поселок № 6 и Синявино ближайшие оперативные резервы — части 96-й и 61-й пехотных дивизий. Советская авиация получила задачу воспрепятствовать подходу немецких резервов, однако с этой задачей не справилась.
С утра 13 января бои приняли особенно упорный и ожесточенный характер. Противник теперь оказывал не только огневое сопротивление, но и, опираясь на узлы сопротивления, непрерывно контратаковал, стремясь восстановить утраченное положение. Едва правофланговый полк 45-й гвардейской дивизии попытался перейти в наступление восточнее Московской Дубровки, как был атакован двумя батальонами противника. После того как полк отбил контратаку, немцы вскоре повторили ее, но уже с двух направлений и силой до трех пехотных батальонов. В итоге гвардейцы генерала Краснова отразили все атаки, но и сами не продвинулись ни на шаг. Не принес желаемых результатов второй день боев и 86-й стрелковой дивизии.
286-я стрелковая дивизия возобновила наступление и к 15 часам продвинулась вперед на 1,5–2 км, однако в этот момент немцы, бросив в бой подоспевшие батальоны 96-й пехотной дивизии генерала Нельдехена, батарею 88-мм зенитных орудий и полтора десятка танков, ударили ей во фланг из района 2-го Городка и заставили отступить на исходные позиции. Здесь были задействованы столь неудачно дебютировавшие в сентябре танки Т-VI из 1-й роты 502-го танкового батальона. На этот раз они проявили себя с наилучшей стороны: по немецким данным, четыре «тигра» подбили 16 советских танков, потеряв при этом одну машину. Советская дивизия потеряла около полутора тысяч человек. Приданная дивизии артиллерия не смогла оказать действенной помощи в отражении контрудара, так как ее передовые наблюдательные пункты все еще оставались на правом берегу Невы. Огонь велся по площадям, снарядов было израсходовано много, но боевой эффект оказался весьма низким, и только «благодаря героическим усилиям нескольких батарей немецкие танки не прорвались к переправам». (Вследствие низкого уровня организации стрельбы по конкретным целям, советская артиллерия, благодаря каторжным усилиям «тружеников тыла», отличалась фантастическим количеством расходуемых боеприпасов, отсюда, как следствие, постоянный снарядный голод. Как заметил едва прибывший на Восточный фронт из Африки Ф. Меллентин: «У них были пушки и снаряды, и они любили эти снаряды расходовать… Однако были у русской артиллерии и недостатки. Например, негибкость планов огня бывала иногда просто поразительной».)
Лишь 136-я дивизия вновь сумела «прогрызть» за день еще 3–4 км в направлении Рабочего поселка № 5. Вечером командарм-67 ввел в дело 123-ю стрелковую бригаду, чтобы прикрыть левый фланг генерала Симоняка. 284-й стрелковый полк 86-й дивизии, обходя с юга Шлиссельбург, вышел к Рабочему поселку № 3.
В результате двухдневных боев войска 67-й армии захватили плацдарм до 10 км по фронту и 7 км в глубину. Почти все опорные пункты и узлы сопротивления оставались в руках противника. Инженерные войска энергично строили ледяные переправы для тяжелой техники. Правофланговая была обнаружена немцами и разрушена артиллерийским и минометным огнем. Северную переправу удалось закончить, но и она сразу выбыла из строя: первый же танк, нарушив правила преодоления реки, поломал ее и сам затонул. Оставалась центральная переправа в районе Марьино, вступившая в строй в ночь на 14 февраля. К рассвету по ней форсировали Неву тяжелые и средние машины 152-й танковой бригады полковника П.И. Пинчука. Одновременно генерал Духанов решил нанести ударно стороны Ладожского озера силами 55-й стрелковой бригады в направлении Рабочего поселка № 3 с задачей содействовать частям 86-й стрелковой дивизии в окружении противника в Шлиссельбурге.
Немцы начали переброску к месту прорыва частей 5-й горнострелковой дивизии.
Соединения 2-й ударной армии также подверглись яростным контратакам. Особенно ожесточенные бои шли в районе деревни Липка, Рабочих поселков № 7 и № 8. В этой обстановке генерал Романовский ввел в сражение в направлении Рабочий поселок № 5 18-ю стрелковую дивизию генерал-майора М.Н. Овчинникова и 98-ю танковую бригаду подполковника Е.Г. Пайкина, а южнее рощи Круглая — 71-ю дивизию генерал-майора Н.М. Замировского.
Командиру 12-й лыжной бригады (ее ядро составляли матросы-североморцы) подполковнику НА. Себову была поставлена задача продвинуться от маяка Бугровского к южному берегу Ладожского озера, на Липку и Рабочий поселок № 1. Для этого предстояло преодолеть около 6 км открытого пространства Ладоги и прорвать укрепления и заграждения противника на Ладожских каналах.
За первые два дня наступления войска Волховского фронта прорвали вражескую оборону на 10-километровом участке от Липок до Гайтолово, но не захватили ни одного опорного пункта. Ежедневно советские войска, участвовавшие в операции, теряли более 6 тысяч человек.
14 января 67-я и 2-я ударная армии ввели в сражение большую часть сил вторых эшелонов, но окончательно переломить обстановку в свою пользу не смогли. При этом соединения первого эшелона не сменялись, а просто уплотняли боевые порядки, сокращали полосы наступления и продолжали бой.
«Вывод войск в исходное положение, — указывает Ярхунов, — совершался неорганизованно, нарушалась маскировка. Эти недостатки приводили к тому, что войска еще на исходном положении несли значительные потери и теряли необходимую силу удара до начала атаки… некоторые командиры в начале боя выпускали из своих рук управление боем, переставали следить за обстановкой и ее изменениями и не отдавали войскам никаких распоряжений. Это приводило к тому, что войска действовали самостоятельно, управление боем нарушалось, что, естественно, кроме потерь и неудач, ничего существенного дать не могло».