Видя достойный пример начальства, стали дружить штабами авиаторы и артиллеристы. Первые распределили объекты и разработали «челночный» способ действий, заключавшийся в том, что самолеты 14-й воздушной армии, нанеся удар по целям, садились на аэродромы Ленинградского фронта, где заправлялись, принимали бомбовый груз и вылетали для повторного удара. Аналогично поступала авиация 13-й воздушной армии. Вторые обязались помогать огнем друг другу и выполнять заявки стрелковых войск независимо от фронтовой принадлежности. Впервые пункты управления воздушных армий расположились вблизи КП командующих армиями прорыва.
Необычным было еще и то, что на подготовку был выделен почти месяц, в ходе которого предстояло накопить, силы и средства, произвести их скрытную перегруппировку и сосредоточение, «научить войска прорывать сильно укрепленные позиции на лесисто-болотистой местности, сколотить подразделения, отработать вопросы взаимодействия пехоты с авиацией, танками и артиллерией».
Для проведения учебных занятий и тренировок в тылу были оборудованы учебные поля и специальные городки. Ленинградцы на Токсовском полигоне создали полосу обороны, схожую с той, которую предстояло прорывать. Здесь проводились полковые учения с боевыми стрельбами, пехоту тренировали следовать за огневым валом на расстоянии 100 метров. На участках Невы в городской черте отрабатывались способы преодоления поврежденных участков льда, штурма обрывистого, обледеневшего, укрепленного дзотами берега. Аналогичную подготовку проходили войска и на Волховском фронте, где сформировали 83 штурмовых отряда, включив в них саперов, автоматчиков, пулеметчиков, огнеметчиков, пушки и танки сопровождения. Особое внимание уделялось отработке приемов штурма деревоземляных заборов, торфяных, снежных и ледяных валов. Сложнее было с вопросами взаимодействия родов войск, они были более-менее согласованы только на начальный период боя.
Наиболее трудоемкой работой стала подготовка исходных районов для ударных группировок фронтов. Требовалось увеличить число траншей и ходов сообщения, укрытий для личного состава, отрыть и оборудовать огневые позиции для артиллерии, минометов, танков, устроить склады боеприпасов. Общий объем земляных работ на каждом фронте исчислялся сотнями тысяч кубических метров. Все работы выполнялись вручную, в темное время суток, без нарушения обычного режима поведения войск, занимавших оборону, с соблюдением мер маскировки. Одновременно устраивались дороги и колонные пути, гати и лежневки через болота, которыми изобиловали исходные районы, разминировались минные поля, готовились проходы в заграждениях.
Севернее Новгорода волховчане имитировали бурную деятельность, обозначая ложное сосредоточение большой массы войск и техники, регулярно проводили разведку боем.
На Ленфронте требовалось изготовить также средства для преодоления высокого берега Невы и участков поврежденного ледового покрова. Для этой цели заготовили сотни щитов из досок, штурмовые лестницы, багры, веревки с крючками и «кошки». После рассмотрения ряда вариантов (в том числе создания канала во льду Невы с последующим наведением понтонного моста или армирования льда путем вмораживания в него тросов) была решена проблема переправы через Неву танков и тяжелой артиллерии — по деревянным «рельсам», уложенным на шпалы.
С 15 по 18 декабря генерал Говоров провел военную игру по теме: «Прорыв общевойсковой армией подготовленной обороны противника с форсированием реки в зимних условиях». В основу игры была положена «реальная обстановка» в полосе предстоящего наступления, насколько ее представляли в советских штабах, в основном по данным аэрофотосъемки.
В действительности и на этот раз о немецкой обороне информацию имели довольно скудную. Возможно, для командующих фронтами было вполне достаточно взгляда на вражеские позиции с высоты птичьего полета — Мерецков, например, с гордостью сообщает, что аэрофотосъемка «дала богатый материал», — но на уровне пулеметной амбразуры вид открывается несколько иной, и поиск вражеских дзотов с помощью самолетов — пустая трата горючего. Между тем этим и ограничились. «Командиры частей и соединений не заботились о том, чтобы до начала наступления были полностью вскрыты характер обороны противника, ее сильные и слабые места, выявлены группировки, боевой состав и боеспособность противника, — пишет исследователь операции «Искра» полковник В.М. Яр-хунов. — Часто командиры в основу своих решений брали данные аэрофотосъемок, не уточняя их средствами наземной разведки. Это приводило, особенно в условиях лесистой местности, к поверхностному и неполному изучению противника. В результате командиры подразделений и частей лишали себя возможности принять соответствующее обстановке решение. Недостатки в ведении разведки приводили к тому, что войска постоянно наталкивались на всякого рода неожиданности». К концу декабря подготовка к операции была в основном закончена. Однако из-за внезапно наступившей оттепели ледяной покров на Неве оказался недостаточно прочным, а болота — труднопроходимыми. Поэтому 27 декабря командующие фронтами обратились в Ставку с просьбой перенести начало наступления на 10–12 января. Согласие было получено. Маршал Мерецков указывает, что правильнее было бы начать активные действия вообще в феврале, но, в который раз, «Ленинград не мог столько ждать».
К ноябрю город почти обезлюдел. В результате массовой смертности, эвакуации и дополнительных призывов в армию население Ленинграда за один год уменьшилось на 2 миллиона и составляло 650 тысяч человек, из них 80 % работали. Продовольственная проблема была решена, перебоев в снабжении населения продуктами не было. По данным профессора А.П. Веселова, перед прорывом блокады 270 тысяч ленинградцев получали повышенную норму продовольствия, по сравнению с общесоюзной, кроме того, 153 тысячи человек посещали столовые с трехразовым питанием.