К вечеру в район прибыли 2 финских минных заградителя, а также немецкие корабли — 2 тральщика, плавучая батарея и плавбаза. С советской стороны им противостояли канонерская лодка, сторожевик, 2 базовых тральщика, торпедные катера и катера-«охотники».
К утру 9 июля все было кончено. 149 десантников сдались в плен, около 150 погибли. Балтийский флот потерял торпедные катера ТКА-22, 31, 71, 83, 113, 121 и малый «охотник» МО-306; серьезные повреждения получили канонерка «Кама» и один тральщик. На затонувших и поврежденных кораблях погибли еще до 100 моряков. Потери финнов составили 21 человек убитыми, 63 ранеными. Несмотря на доклады советских моряков и авиаторов о потоплении и нанесении тяжелых повреждений десяти кораблям и катерам противника, в действительности ни финны, ни немцы не потеряли ни одного плавсредства. Чтобы устранить угрозу новых высадок десантов на Соммерс, финны вскоре поставили восточнее и южнее его минные заграждения «Онтаярви» и «Норппе».
Лишь с возращением подводных лодок первого эшелона 9 августа началось развертывание десяти лодок второго эшелона, которым пришлось действовать в более сложных и опасных условиях. Три из них получили повреждения перед форсированием Гогландской позиции и вернулись в базу. Вместо них были высланы две другие.
В августе была предпринята попытка поддержать прорыв подводников силовой акцией. Предполагался выход отряда надводных сил к островам Гогланд и Большой Тю-терс для подавления сил ПЛО противника. Однако выход сторожевика «Буря» и тральщика «Фугас» в сопровождении сторожевых и торпедных катеров закончился гибелью обоих кораблей в ночь на 24 августа и отказом от этой попытки.
Район действий лодок второго эшелона (Л-3, М-96, С-13, «Лембит», М-97, Щ-407, Щ-309, Щ-31(Т, С-9) охватывал широкий фронт от Ботнического залива до острова Борнхольм. Семеро из восьми командиров, прорвавшихся в Балтийское море, доложили об успехах. Особенно отличились Л-3 капитана 3 ранга П.Д. Грищенко, «уничтожившая» 6 транспортов и «вражеский миноносец новой постройки» (Героя, как можно было ожидать, он не получил, а был снят с мостика по доносу своего комиссара), подводная лодка «Лембит» капитан-лейтенанта А.М. Матиясе-вича, «потопившая» торпедами 3 судна, и С-13 капитан-лейтенанта П.П. Маланченко, «отправившая на дно» Ботнического залива 3 транспорта. В общей сложности результаты действий второго эшелона оценили в 14 уничтоженных «фашистских транспортов». Израсходовано 49 торпед. В список потерь добавилась М-97, пропавшая без вести в начале сентября.
Противник, стремясь перекрыть всю толщу воды, предпринял дополнительную постановку антенных и неконтактных мин. В сентябре финны установили сетевое заграждение в Северном Гогландском проходе и в районе Калбодагрунд. Этот факт прошел мимо внимания флотской разведки, и штаб флота по-прежнему рекомендовал командирам использовать Северный проход для прорыва. В Финском заливе и Аландском море занимали позиции финские субмарины. В светлое время суток они лежали на грунте и вели гидроакустическое наблюдение, а ночью галсировали в надводном положении. В Ботническом заливе действовала поисково-ударная группа ПЛО.
Военный совет КБФ принял решение начать выход подводных лодок третьего эшелона, не ожидая возвращения последних лодок второго эшелона. Во избежание международных осложнений приказом наркома ВМФ им теперь запрещалось атаковать корабли под шведским флагом и любые суда в шведских территориальных водах.
Первая группа лодок третьего эшелона (5 единиц) начала выход из баз 15–23 сентября, вторая (4 единицы) — 1—10 октября и, наконец, третья (7 единиц) — 17 октября — 4 ноября. Причем Л-3, Щ-303, Щ-320, Щ-406, М-96, С-9, С-13 и С-7 прорывались через противолодочную оборону противника по второму разу.
Подводным лодкам третьего эшелона «удалось уничтожить» около 15–17 транспортов и несколько небольших боевых кораблей. С победой возвратились в базу С-13, совершившая под командованием капитана 3 ранга В.А. Тураева самый продолжительный боевой поход в годы войны (58 суток) и потопившая 3 транспортных судна, Д-2 капитана 3 ранга Р.В. Линденберга, отправившая на дно транспорт и повредившая железнодорожный паром «Дойчланд» (причем одновременно этот паром числится «повредившимся» на минах, выставленных подводным заградителем Л-3), Щ-406 капитана 3 ранга Осипова, уничтожившая 3 судна, С-9 капитан-лейтенанта А.И. Мыльникова, потопившая транспорт и повредившая танкер.
На этот раз за успех пришлось дорого заплатить: половина лодок погибла. Пропали без вести при форсировании противолодочных рубежей Щ-320, Щ-302, Щ-304, Щ-306. Были потоплены финскими субмаринами и сторожевыми катерами Щ-311, Щ-308, Щ-305 и Краснознаменная С-7. Командир последней, Герой Советского Союза СП. Лисин, и три его матроса попали в плен. Балтийский флот лишился опытных экипажей, неоднократно форсировавших Финский залив. Погибли командиры И.М. Вишневский, Я.П. Афанасьев, Д.М. Сазонов, Н.И. Смоляр, А.С. Пудя-ков, Л.Н. Костылев, В.Д. Нечкин.
Сергей Прокофьевич Лисин прошел через финские, германские и, как полагалось «изменнику Родины», советские тюрьмы. Золотую Звезду ему вернули только в 1958 году.
Естественно, «морские волки» никак не могли в геройстве уступить «сапогам». О том, каким образом достигался неуклонный рост боевого счета и потопленного тоннажа балтийских подводников, сам Грищенко, будучи уже в отставке, поведал петербургскому автору Олегу Стрижаку: «Самым темным и путаным делом был счет побед. Победа нуждалась в «подтверждении». В идеале, то бишь по инструкции, надлежало делать так. Командир проводит атаку, поражает цель. Затем приглашает к перископу двух надежных, проверенных свидетелей. Те смотрят в оптику на тонущую цель, оценивают ее класс, водоизмещение и подтверждают, что цель затонула. О чем, за тремя подписями, пишется акт. И такие акты исправно писались всю войну и представлялись начальству, хотя последняя кошка на береговом камбузе знала, что это все — вранье.